Als erster Minivan seiner Kategorie verfügt der Estima Hybrid über VDIM (Vehicle Dynamics Integrated Management). Als weltweit fortschrittlichstes Stabilitätsprogramm schafft VDIM einen optimalen Ausgleich zwischen Fahrdynamik, Lenkung und Bremsen. Im Gegensatz zu herkömmlichen ESP-/VSC-Systemen ermöglicht VDIM die Erkennung instabiler Fahrsituationen im Ansatz. Durch vernetzten Einsatz aller Komponenten kann das System gefährlichen Situationen vorbeugend optimal entgegenwirken.

Durch die Verwendung von speziellen Innenverkleidungen und Glasscheiben mit Akustikdämpfung konnten sowohl die Innenraum- wie auch die Vorbeifahrgeräusche weiter abgesenkt werden. Da der Estima Hybrid nach dem Start, bei niedrigen Geschwindigkeiten und geringer Belastung ausschließlich mit Elektroantrieb läuft, ist er speziell im Stadtverkehr deutlich leiser, emissionsärmer und damit umweltverträglicher als ein konventionelles Fahrzeug mit Ottomotor. Der Estima Hybrid unterbietet beim Benzinverbrauch bereits heute die Anforderungen der ab 2010 geltenden japanischen Standards um 20 Prozent. Die CO2-Emissionen liegen gemäß Messzyklus des japanischen Verkehrsministeriums (nicht gleichzusetzen mit EU-Richtlinien) bei lediglich 116 Gramm/Kilometer. Bei Kohlenwasserstoff- und Stickoxid-Emissionen unterbietet der Toyota Estima Hybrid die Grenzwerte der japanischen Norm für Fahrzeuge mit niedrigen Emissionen (low-emission vehicle) um 75 Prozent.

Im Estima Hybrid kommt außerdem ein Wärme-Rückgewinnungssystem zum Einsatz, das die Wärme des Abgastrakts nutzt, um das Kühlmittel aufzuheizen und so den Motor schneller auf Betriebstemperatur zu bringen. Das wiederum ermöglicht es, den Benzinmotor im Leerlauf früher abzuschalten und damit Abgasemissionen und Verbrauch weiter zu senken.